VIII Всероссийский конгресс с международным участием «Орфанные болезни»: обзор мероприятия
Конгресс традиционно собирает на своей площадке специалистов практически из всех регионов России, а также из Казахстана, Республики Беларусь, Армении, Узбекистана, Киргизии, Молдавии, Азербайджана и Туркменистана. За два дня мероприятия в нем приняли участие около 3 000 специалистов, в шести залах научной программы прозвучало более 200 докладов от ведущих экспертов.
Симпозиум «Диагностика новых и ультраредких наследственных заболеваний: интеграция клиники, генома и функционального анализа»
Участники обсудили актуальные подходы в области точной диагностики ультраредких заболеваний и новых форм наследственных болезней, разобрали клинические случаи, вопросы интерпретации геномных данных и роль функциональных исследований в подтверждении патогенности вновь выявленных вариантов нуклеотидной последовательности. Интеграция клинических данных, глубокого геномного исследования и современных методов функционального анализа позволяют диагностировать заболевания, ранее остававшиеся нераспознанными.
«Цель симпозиума – обмен знаниями и развитие междисциплинарного сотрудничества для повышения эффективности диагностики и качества оказания медицинской помощи пациентам с особенно редкими заболеваниями», - отметила заведующая Научно-консультативным отделом МГНЦ, д.м.н., профессор Татьяна Владимировна Маркова.
«Особенность симпозиума заключалась в том, что каждый доклад представляли как клиницисты, так и молекулярные генетики. Это позволило максимально полно разобрать все аспекты каждого представленного случая. Активная работа позволила еще раз убедиться: установить диагноз, особенно в сложных ситуациях, возможно при тесном сотрудничестве лаборатории и клиники», - резюмировал заведующий лабораторией функционального анализа отдела функциональной геномики МГНЦ, к.м.н. Петр Андреевич Спарбер.
Онкогенетика
Работы в области онкогенетики были представлены на VIII Всероссийском научно-практическом конгрессе с международным участием «Орфанные болезни» в нескольких секциях. В первый день конгресса в секции по современным подходам к изучению, диагностике, лечению и поддержке пациентов с генодерматозами заведующий лабораторией эпигенетики МГНЦ, д.б.н., доцент Владимир Викторович Стрельников рассказал о современных алгоритмах молекулярно-генетической диагностики нейрофиброматоза, возможностях соответствующей научно-диагностической программы и достигнутых в центре результатах. Эту тему эксперт развил и на симпозиуме по регистру пациентов с нейрофиброматозом в докладе «Контуры комплексной помощи при нейрофиброматозе: ключевые дилеммы и диагностические решения».
В секции по генодерматозам заведующий кафедрой онкогенетики ИВиДПО МГНЦ, к.м.н., доцент Дмитрий Сергеевич Михайленко представил доклад об опыте диагностики синдрома Хиппеля-Линдау в МГНЦ на выборке почти из 300 пациентов, которые были проанализированы в лабораториях молекулярно-генетической диагностики №1 и №2. Охарактеризованы спектр и локализация патогенных и вероятно патогенных вариантов в гене VHL, частоты и сочетания отдельных клинических проявлений синдрома Хиппеля-Линдау у больных с казуативными вариантами. В частности, показана более высокая доля протяженных делеций в структуре патогенных вариантов по сравнению с данными других авторов, охарактеризованы критические участки кодирующей последовательности гена с высокой долей наследственных миссенс-вариантов.
В секции «Спонтанный пневмоторакс при наследственных заболеваниях» Дмитрий Сергеевич Михайленко представил результаты совместной работы в рамках проводимой им диагностики у пациентов с опухолям почек в лаборатории молекулярно-генетической диагностики №2, а также поиска мутаций в гене FLCN коллегами в лаборатории молекулярно-генетической диагностики №1 при спонтанном пневмотораксе у больных с подозрением на редкое наследственное заболевание – синдром Берт-Хогг-Дюбэ.
Были озвучены основные результаты исследования, особенности фенотипов пациентов с казуативными вариантами, реклассификация вариантов неопределенного клинического значения и валидация носительства мутации у родственников. Клинические примеры пациентов с синдромом Берт-Хогг-Дюбэ были представлены затем старшим научным сотрудником научно-клинического отдела муковисцидоза, к.м.н. Юлией Леонидовной Мельяновской.
Отдельная секция была посвящена практическим аспектам онкогенетики. Открыл секцию руководитель отдела лабораторной генетики НМИЦ колопроктологии имени А.Н. Рыжих Минздрава России д.м.н., профессор РАН Алексей Сергеевич Цуканов с докладом о развитии подходов к молекулярно-генетическому тестированию пациентов с колоректальным раком. Далее заведующая лабораторией молекулярно-генетической диагностики №2 МГНЦ, д.м.н. Татьяна Владимировна Кекеева рассказала о распространенности мутаций в генах HRR у российских больных раком молочной железы. Дмитрий Сергеевич Михайленко сфокусировал внимание на проблемах диагностики редких наследственных форм папиллярного рака почки. Врач клинико-лабораторной диагностики НМИЦ ДГОИ имени Дмитрия Рогачева Минздрава России Денис Максимович Шашин представил доклад об опыте работы в их учреждении со вторичными находками в генах наследственных опухолевых синдромов, а младший научный сотрудник лаборатории эпигенетики МГНЦ Роман Андреевич Пешков осветил современный подход в использовании РНК-анализа в диагностике нейрофиброматоза. Доклады на тему онкогенетики состоялись и в других секциях конгресса, в частности, на секции по эпигеномике выступил научный сотрудник лаборатории эпигенетики МГНЦ Алексей Игоревич Калинкин и представил результаты своего исследования «Эписигнатуры рака молочной железы как основа разработки панелей предиктивных и прогностических маркеров метилирования ДНК».
Секция «Неудовлетворенные потребности пациентов с фенилкетонурией»
Во время секции «Неудовлетворенные потребности пациентов с фенилкетонурией» первый заместитель директора МГНЦ, заведующая кафедрой молекулярной генетики и биоинформатики ИВиДПО МГНЦ, д.м.н., доцент Ольга Анатольевна Щагина представила доклад, в котором рассказала, что изменилось в скрининге этого заболевания.
Эксперт МГНЦ напомнила, что с 2023 года в рамках реализации национального проекта «Здравоохранение» внедрена программа расширенного неонатального скрининга на наследственные заболевания. Сейчас новорожденных тестируют на вторые сутки жизни, а ранее – на четвертые. Исследования по неонатальному расширенному скринингу проводятся в десяти региональных центрах.
«Впервые в России спинальная мышечная атрофия и первичный иммунодефицит диагностируются молекулярно-генетическими методами на первом этапе скрининга, обследование для всех новорожденных проводится методом тандемной масс-спектрометрии. Кроме того, при обследовании детей из групп риска в референс-центрах, которым является и Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова, проводится биохимическими, иммунологическими и молекулярно-генетическими методами. Такое сочетание ранее не применялось. Охват скринингом достиг 98-99%», – подчеркнула О.А. Щагина.
Секция «Вариабельность генома в соматических и половых клетках человека»
Симпозиум «Вариабельность генома в соматических и половых клетках человека», который состоял из двух секций, модерировала заведующая лабораторией цитогенетики, заведующий кафедрой цитогенетики и хромосомных болезней ИВиДПО МГНЦ, д.м.н., доцент Надежда Владимировна Шилова.
Темой встречи стал такой удивительный феномен, как хромосомный мозаицизм, отметила Н.В. Шилова.
«Геномный мозаицизм в настоящее время является «горячей» темой в современных геномных исследованиях. И по мере того, как все глубже изучается этот феномен, тем больше становится понятным, что влияние геномных вариаций, и, в частности, хромосомного мозаицизма, на организм человека оказывает гораздо большее влияние, чем было принято считать ранее», – подчеркнула Надежда Владимировна.
О многоликости гоносомного мозаицизма в своем докладе рассказал заведующий лабораторией генетики нарушений репродукции, д.м.н. Вячеслав Борисович Черных.
Мозаицизм – это широко распространенное в природе явление, характеризующееся наличием в организме двух или более клеточных линий, имеющих различный генотип, напомнил участникам симпозиума эксперт.
По его словам, мозаицизм может формироваться на любой стадии онтогенеза и затрагивать различные уровни генома, различные клетки, ткани и органы, иметь различные фенотипические проявления и клиническую значимость.
В.Б. Черных остановился на теме гоносомного мозаицизма, как частого, клинически вариабельного явления.
«Мультидисциплинарный подход и своевременное генотипирование по гоносомам с комплексным цитогенетическим и молекулярным исследованием нескольких тканей остаются ключевыми в генетической диагностике гоносомных аномалий», – резюмировал В.Б. Черных.
Надежда Владимировна Шилова также выступила с докладом «Прогностическая значимость FISH-анализа сперматозоидов у носителей пери- и парацентрических инверсий».
Эксперт отметила, что FISH-анализ клеток эякулята является специфичным и единственным методом исследования частоты рекомбинантных гамет у носителей инверсий.
«Оценка частоты гамет (зигот) с хромосомным дисбалансом необходима для установления персонализированного риска рождения больного ребенка, а также тактики пренатальной и предимплатационной диагностики в семьях носителей инверсий. При выявлении у пациента CNV, представленных интерстициальными делециями, дупликациями или дупликацией в сочетании с делецией, необходимо молекулярно-цитогенетическое обследование родителей», – рассказала Надежда Владимировна.
Секция «Механизмы патогенеза наследственных болезней обмена (НБО) за пределами классических представлений»
Основной целью секции «Механизмы патогенеза наследственных болезней обмена (НБО) за пределами классических представлений» стало формирование знаний о молекулярном патогенезе и генетической диагностике наследственных болезней обмена веществ.
Модератором выступила заведующая лабораторией наследственных болезней обмена МГНЦ, д.м.н., доцент Екатерина Юрьевна Захарова. Также эксперт МГНЦ рассказала о вкладе гипоморфных вариантов и их комбинаций в формирование фенотипа НБО.
Говоря о врожденных ошибках метаболизма и наследственных болезнях обмена веществ, ученый отметила, что клинический фенотип возникает тогда, когда функция белка снижается ниже критического порога. При этом тяжесть проявлений болезни зависит от сохраненной функции белка.
Доклад «Метаболиты как динамическая система: абсолютные значения и соотношения при диагностике НБО» представила заведующая отделом ЦКП «Метаболом», доцент кафедры биохимической генетики и наследственных болезней обмена веществ ИВиДПО МГНЦ, к.б.н. Галина Викторовна Байдакова.
Секция «Эписигнатуры моногенных болезней»
Научная группа Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова – единственная в России, которая занимается изучением эписигнатур моногенных заболеваний, а также их оптимизацией для внедрения в клиническую практику. Эписигнатуры применяются для диагностики заболеваний, а также могут использоваться для детекции мозаицизма, полиморфизма числа копий. Кроме того, они могут помочь в интерпретации вариантов неясного клинического значения. Научный сотрудник лаборатории эпигенетики Илья Владимирович Володин отметил, что специалисты лаборатории разработали редуцированные эписигнатуры для синдромов Сотоса и Рубинштейна-Тейби. Использование всего двух точек позволяет существенно снизить стоимость этого диагностического метода. Редуцированная эписигнатура для синдрома Рубинштейна-Тейби уже использовалась как дополнительный метод в исследовании выборки пациентов лаборатории ДНК-диагностики МГНЦ.
«Эписигнатуры – это высокоспецифичный молекулярный маркер ряда заболеваний, их детектирование потенциально может использоваться в качестве теста второй линии. Это даст дополнительную информацию и поможет поставить диагноз в тех случаях, когда фенотип неоднозначен, и при этом генетическое тестирование не выявило значимых вариантов или выявило только варианты неясного клинического значения. Кроме того, эписигнатурное тестирование может проводиться на широком спектре оборудования, что делает этот метод доступным для различных лабораторий», - отметил эксперт.
Секция «Механизмы патогенеза наследственных болезней обмена за пределами классических представлений»
В лаборатории эпигенетики ожирения и диабета действует программа диагностики моногенных форм ожирения. Сегодня благодаря фонду «Круг добра» детям доступна патогенетическая терапия, поэтому молекулярный диагноз имеет критические важное значение. Результаты работы программы за два года представила научный сотрудник лаборатории Александра Федоровна Николаева. Она озвучила данные, полученные в ходе исследования 70 пациентов. Из них для 70% выполнены полногеномные исследования, в остальных 30% - полноэкзомные. Выявляемость вариантов составила 35%. У 24 пациентов обнаружены 32 кандидатных варианта в 20 генах, ассоциированных с моногенным ожирением.
«Наш опыт показывает, что даже при выраженной клинической картине важно ориентироваться не только на уже известные гены, связанные с ожирением, но и рассматривать новые, которые только начинают описывать. Полногеномное секвенирование обладает преимуществом: к результатам исследования можно вернуться через какое-то время и переанализировать, в том числе, новые гены», - отметила ученый.
Секция «Эпигеномика наследственных и многофакторных болезней»
Научный сотрудник лаборатории эпигенетики ожирения и диабета Елизавета Григорьевна Панченко рассказала об алгоритме диагностики болезней импринтинга на примере синдрома Ангельмана. Она подчеркнула, что к одной и той же клинической картине у разных пациентов могут приводить разные молекулярно-генетические причины. Алгоритм-схема диагностики, разработанный в лаборатории, учитывает этот аспект. Эксперт подчеркнула, что в случае выявления мультилокусных нарушений импринтинга (MLID) необходим поиск вариантов в генах, которые привели к ним.
«Вне зависимости от того, нашли их или нет, риск в семье трактуется как высокий. Спектр MLID-ассоциированных генов сегодня неполный, поэтому нельзя сделать вывод, что исследование позволило оценить все причины нарушений. Также есть проблема интерпретации данных. Женщины-носительницы MLID-ассоциированных вариантов фенотипически не имеют особенностей, в связи с этим генетические варианты могут встречаться в популяционных базах данных с высокой частотой и трактоваться как доброкачественные. Кроме того, у носительниц этих вариантов высокий риск развития различной патологии беременности. Поэтому, если в семье родился ребенок с мультилокусным нарушением импринтинга, женщине рекомендуется рассмотреть использование донорских ооцитов при планировании последующего деторождения», - заявила Елизавета Григорьевна.
Симпозиум «Союз генетиков и клиницистов»
Около 3% пациентов с синдромом Алажилля получают ошибочный диагноз билиарной атрезии. Ведущий научный сотрудник Научно-консультативного отдела МГНЦ, врач-генетик, к.м.н. Наталия Александровна Семенова отметила, что дифференциальная диагностика крайне важна, поскольку хирургические методы лечения, которые применяются при билиарной атрезии, заметно ухудшают состояние пациентов с синдромом Алажилля. Научно-диагностическая программа МГНЦ позволяет провести молекулярное исследование бесплатно для пациентов, и сделать это в кратчайшие сроки.
Секция «Особенности молекулярной диагностики в группах наследственных заболеваний»
Старший научный сотрудник лаборатории ДНК-диагностики, врач-лабораторный генетик лаборатории молекулярно-генетической диагностики № 1, к.б.н Варвара Андреевна Кадникова представила доклад, посвященный структуре и особенностям диагностики спастических параплегий. В лаборатории ДНК-диагностики проанализировали две выборки пациентов с подозрением на это заболевание. В первую вошли 436 пациентов, для исследования применялась панель из 63 генов, а также метод MLPA. Вторая выборка включала 151 пациента, и для диагностики использовалась расширенная панель из 178 генов, а также MLPA. Для первой панели информативность составила порядка 40%, для второй свыше 50%. «Повышение информативности достигнуто за счет включения в нее генов, ответственных за ряд заболеваний со схожими проявлениями. Это позволило также провести дифференциальную диагностику. Чаще всего среди пациентов из второй выборки, у кого не подтвердилась спастическая параплегия, встречался диагноз «Х-сцепленная адренолейкодистрофия». Кроме того, информативность панели нам удалось повысить за счет включения в нее недавно описанных генов, варианты в которых ответственны за спастические параплегии», - резюмировала эксперт.
Научный сотрудник лаборатории ДНК-диагностики, врач-лабораторный генетик лаборатории молекулярно-генетической диагностики № 1 Елена Витальевна Кистол остановилась на сложных случаях постановки диагноза миодистрофии Дюшенна/Беккера. По словам эксперта, около 2 – 7% пациентов не получают подтверждение диагноза после применения рутинных методов. Это связано с глубоко интронными вариантами и сложными структурными перестройками, транслокациями и инверсиями, а также с прерывистыми дупликациями и делециями, которые затрагивают несмежные экзоны гена DMD. В лаборатории ДНК-диагностики есть примеры 13 пациентов, у которых к заболеванию привели прерывистые делеции и дупликации.
«Возможно, такие пациенты остаются недодиагностированными. В нашем исследовании доля прерывистых делеций и дупликаций составила 1%. Сегодня установление диагноза и изучение перестроек особенно важно в связи с разработкой этиотропной терапии, воздействующей на конкретные генетические варианты», - подчеркнула эксперт.
Врач-лабораторный генетик лаборатории молекулярно-генетической диагностики № 3, научный сотрудник ЦКП «Геном» Филипп Спартакович Свиридов отметил проблему диагностики врожденных дефектов иммунодефицита у взрослых. Некоторые заболевания из этой группы могут манифестировать в любом возрасте, и нередко пациенты обращаются к иммунологу с тяжелыми жизнеугрожающими состояниями, возникшими впервые. Выявление каузативного варианта необходимо, в том числе, для своевременного назначения заместительной терапии иммуноглобулином, а также может сыграть роль при планировании беременности.
«В Медико-генетическом научном центре имени академика Н.П. Бочкова пациентам старше 18 лет проводится полноэкзомное секвенирование, либо, если пациент уже проходил молекулярное исследование, выполняется переанализ сырых данных массового параллельного секвенирования. В семейных случаях проводится сегрегационный анализ. Выборка пациентов регулярно пополняется, и сейчас насчитывает 85 человек. Из них полностью проанализированы данные 32 пациентов, в 11 случаях выявлены патогенные и вероятно патогенные варианты, у 12 человек – варианты неясного клинического значения, в девяти случаях вариантов не выявлено. Уже на полученных данных можно сделать вывод, что врожденные дефекты иммунитета, выявляемые у взрослых, это крайне гетерогенная группа заболеваний», - отметил эксперт.
Врач-лабораторный генетик лаборатории молекулярно-генетической диагностики №3 МГНЦ Тимофей Викторович Визеров представил промежуточные результаты научной программы «Применение секвенирования генома в диагностике наследственных атаксий». На текущий момент проанализировано 175 семей (339 человек). Благодаря современным технологиям высокопроизводительного секвенирования точный генетический диагноз удалось поставить 87 пробандам, а суммарный диагностический выход составил около 50%. Эксперт подчеркнул высокую эффективность обследования в формате «трио»: такой подход увеличивает долю выявления патогенных вариантов и почти вдвое снижает число результатов неопределенного значения. Помимо частых мутаций, в ходе работы удалось выявить уникальные для российской когорты варианты в генах DAGLA, NPTX1, RUBCN и UNC13A, связь которых с заболеваниями была описана лишь в последние годы. Также эксперт подчеркнул важность использования секвенирования длинными прочтениями для точной детекции размера сложных экспансий на примере спиноцеребеллярной атаксии 8 типа. Исследователь отметил, что наиболее рациональным и экономически эффективным алгоритмом маршрутизации пациентов с наследственными атаксиями сегодня является комбинация полноэкзомного секвенирования и стандартных таргетных тестов на частые экспансии. По расчетам лаборатории, относительная диагностическая чувствительность такого подхода составляет 91% от максимального результата, достигаемого с помощью комбинации полногеномного секвенирования короткими и длинными прочтениями.
Научный сотрудник центра коллективного пользования «Геном» Анна Александровна Орлова остановилась на синдроме Нунан. Одна из главных особенностей этой группы болезней – локусная и генетическая гетерогенность. На сегодняшний день известно более 20 генов, вовлеченных в развитие болезни. Клиническая картина при различных вариантах болезни перекрывается, молекулярные механизмы развития патологии схожи. Специалисты МГНЦ исследовали 459 неродственных пациентов. Для постановки диагноза использована панель, включающая гены, продукты которых вовлечены в сигнальный путь RAS-MAPK.
«Мы показали клиническое разнообразие синдрома Нунан и Нунан-подобных заболеваний. При использовании панели диагноз подтвержден менее чем у 50% пробандов. Наиболее частой причиной развития болезни являются варианты в гене PTPN11. Около 27% случаев обуславливаются вариантами в генах BRAF, SOS1, SHOC2, NF1. Также мы показали отсутствие дифференцирующих признаков среди различных форм заболеваний на клиническом уровне», - отметила ученый.
Симпозиум «Путь редкого пациента: как распознать и когда лечить пациентов с ГФФ и ДЛКЛ»
Гипофосфатазия – наследственное заболевание, возникающее в результате дефицита тканеспецифичной щелочной фосфатазы, к которому приводят патогенные варианты в гене ALPL. Старший научный сотрудник Научно-консультативного отдела, к.м.н. Елена Сергеевна Меркурьева подчеркнула, что интерпретация выявленного генетического варианта должна проводиться в молекулярном, биохимическом, клиническом контексте. На сегодняшний день описано более 400 вариантов гене ALPL.
«Пациентов, у которых выявлены варианты неясного клинического значения, мы должны взять на динамическое наблюдение, а также отслеживать информацию о варианте – возможно он будет переклассифицирован. В лаборатории экспериментальной генной терапии наследственных болезней обмена веществ ряд экспериментов, которые помогают понять, есть или нет у новых вариантов неясного клинического значения доминант-негативный эффект. Клиницисты должны помнить: если мы уверены в клинической картине, то нужно проводить исследование всеми возможными методами. Если не выявили причинный вариант, то оценить саму методику, ее ограничения, для спорных вариантов – провести функциональный анализ, расширить дифференциальный поиск, при необходимости проводить секвенирование генома», - подчеркнула эксперт.
Также на конгрессе свои доклады представили специалисты ведущих федеральных учреждений, таких как Российская детская клиническая больница, НИКИ педиатрии и детской хирургии имени академика Ю.Е. Вельтищева, НМИЦ акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова, НМИЦ здоровья детей.