Закончила факультет подготовки научных и научно-педагогических кадров Московской медицинской академии им. И.М. Сеченова (сейчас Первый МГМУ им. И.М. Сеченова) в 2006 году по специальности «лечебное дело». Под руководством академика РАМН Н.П. Бочкова в 2011 году защитила кандидатскую диссертацию «Оценка трансфекции гена VEGF121 в мультипотентные стромальные клетки человека невирусными методами» по специальности 03.02.07 – генетика. С 2007 по 2018 годы работала в лаборатории мутагенеза Медико-генетического научного центра, с 2019 года возглавляет лабораторию редактирования генома.
С.А. Смирнихина – автор около 110 научных работ, в том числе 4-го издания учебника «Клиническая генетика» под ред. Н.П. Бочкова. С.А. Смирнихина является доцентом отдела высшего и дополнительного профессионального образования Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова и преподает курс по редактированию генома.
За безупречный труд и высокие достижения в профессиональной деятельности Смирнихиной С.А. награждена почетной грамотой ФАНО России в 2017 г.
Научные интересы: разработка методов коррекции мутаций с помощью геномного редактирования, индуцированные плюрипотентные стволовые клетки как материал для генной терапии, изучение патогенеза хронического миелоидного лейкоза.