Лаборатория редактирования генома

115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1, 3 этаж (каб. 306, 308-312, 314, 316)

Телефоны: +7 (499) 324-3579, +7 (499) 612-9989

Основные публикации за 10 лет:

1. Voldgorn YI, Adilgereeva EP, Nekrasov ED, Lavrov AV. Cultivation and Differentiation Change Nuclear Localization of Chromosome Centromeres in Human Mesenchymal Stem Cells. PLoS ONE, 2015, 10(3): e0118350. doi: 10.1371/journal.pone.0118350 http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0118350
2. Lavrov A.V., Chelysheva E.Y., Smirnikhina S.A., Shukhov O.A., Turkina A.G., Adilgereeva E.P., Kutsev S.I. Frequent variations in cancer-related genes may play prognostic role in treatment of patients with chronic myeloid leukemia. BMC Genetics, 2016, 17(Suppl 1):14, DOI: 10.1186/s12863-015-0308-7 http://bmcgenet.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12863-015-0308-7
3. Smirnikhina S.A., Lavrov A.V., Chelysheva E.Yu., Adilgereeva E.P., Shukhov O.A., Turkina A.G., Kutsev S.I. Whole-exome sequencing reveals potential molecular predictors of relapse after discontinuation of the targeted therapy in CML. Leukemia and Lymphoma, 2016, DOI: 10.3109/10428194.2015.1132420 http://www.tandfonline.com/doi/full/10.3109/10428194.2015.1132420
4. Lavrov AV, Ustaeva OA, Adilgereeva EP, Smirnikhina SA, Chelysheva EY, Shukhov OA, Shatokhin YV, Mordanov SV, Turkina AG, Kutsev SI. Copy number variation analysis in cytochromes and glutathione S-transferases may predict efficacy of tyrosine kinase inhibitors in chronic myeloid leukemia. PLoS ONE, 2017 12(9):e0182901. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0182901. http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0182901
5. Smirnikhina SA, Chelysheva EY, Lavrov AV, Kochergin-Nikitsky KS, Mozgovoy IV, Adilgereeva EP, Shukhov OA, Petrova AN, Bykova AV, Abdullaev AO, Turkina AG, Kutsev SI. Genetic markers of stable molecular remission in chronic myeloid leukemia after targeted therapy discontinuation. Leuk Lymphoma. 2018 Feb 9:1-4. doi: 10.1080/10428194.2018.1434880. https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/10428194.2018.1434880?journalCode=ilal20
6. Yakushina V.D., Lerner L.V., Lavrov A.V. Gene fusions in thyroid cancer. Thyroid. February 2018, 28(2): 158-167. https://doi.org/10.1089/thy.2017.0318
7. Smirnikhina SA, Anuchina AA., Lavrov AV. Ways of improving precise knock-in by genome editing technologies. Human Genetics, 2018, Hum Genet. 2019 Jan;138(1):1-19. doi: 10.1007/s00439-018-1953-5. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00439-018-1953-5
8. Lavrov AV, Chelysheva EYu, Adilgereeva EP, Shukhov OA, Smirnikhina SA, Kochergin-Nikitsky KS, Yakushina VD, Tsaur GA, Mordanov SV, Turkina AG, Kutsev SI. Exome, transcriptome and miRNA analysis don’t reveal any molecular markers of TKI efficacy in primary CML patients. BMC Medical Genomics, 2019, doi: 10.1186/s12920-019-0481-z. https://bmcmedgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12920-019-0481-z
9. Hsieh TC, Mensah MA, Pantel JT, Aguilar D, Bar O, Bayat A, Becerra-Solano L, Bentzen HB, Biskup S, Borisov O, Braaten O, Ciaccio C, Coutelier M, Cremer K, Danyel M, Daschkey S, Eden HD, Devriendt K, Wilson S, Douzgou S, Đukić D, Ehmke N, Fauth C, Fischer-Zirnsak B, Fleischer N, Gabriel H, Graul-Neumann L, Gripp KW, Gurovich Y, Gusina A, Haddad N, Hajjir N, Hanani Y, Hertzberg J, Hoertnagel K, Howell J, Ivanovski I, Kaindl A, Kamphans T, Kamphausen S, Karimov C, Kathom H, Keryan A, Knaus A, Köhler S, Kornak U, Lavrov A, Leitheiser M, Lyon GJ, Mangold E, Reina PM, Carrascal AM, Mitter D, Herrador LM, Nadav G, Nöthen M, Orrico A, Ott CE, Park K, Peterlin B, Pölsler L, Raas-Rothschild A, Randolph L, Revencu N, Fagerberg CR, Robinson PN, Rosnev S, Rudnik S, Rudolf G, Schatz U, Schossig A, Schubach M, Shanoon O, Sheridan E, Smirin-Yosef P, Spielmann M, Suk EK, Sznajer Y, Thiel CT, Thiel G, Verloes A, Vrecar I, Wahl D, Weber I, Winter K, Wiśniewska M, Wollnik B, Yeung MW, Zhao M, Zhu N, Zschocke J, Mundlos S, Horn D, Krawitz PM. PEDIA: prioritization of exome data by image analysis. Genet Med. 2019 Jun 5. doi: 10.1038/s41436-019-0566-2. [Epub ahead of print] https://www.nature.com/articles/s41436-019-0566-2
10. Anuchina A.A., Lavrov A.V., Smirnikhina S.A. TIRR: a potential front runner in HDR race − hypotheses and perspectives. Molecular Biology Reports, 2020. https://link.springer.com/article/10.1007/s11033-020-05285-x
11. Lavrov AV, Varenikov GG, Skoblov MYu. Genome scale analysis of pathogenic variants targetable for single base editing. BMC Medical Genomics. DOI: 10.1186/s12920-020-00735-8. https://bmcmedgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12920-020-00735-8
12. Kondrateva E, Adilgereeva E, Amelina E, Tabakov V, Demchenko A, Ustinov K, Yasinovsky M, Voronina E, Lavrov A, Smirnikhina S. Generation of induced pluripotent stem cell line (RCMGi001-A) from human skin fibroblasts of a cystic fibrosis patient with p.F508del mutation. Stem Cell Research, 2020, Volume 48, October 2020, 101933, doi: 10.1016/j.scr.2020.101933 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1873506120302348
13. Kondrateva E., Demchenko A., Lavrov A., Smirnikhina S. An overview of currently available molecular Cas-tools for precise genome modification. Gene, 2020, 145225, 10.1016/j.gene.2020.145225. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111920308945
14. Smirnikhina SA. Prime Editing: Making the Move to Prime Time. The CRISPR Journal, 2020, Vol 3, N 5, p. 319-321. DOI: 10.1089/crispr.2020.29105.sas. https://www.liebertpub.com/doi/full/10.1089/crispr.2020.29105.sas
15. Smirnikhina SA, Kondrateva EV, Adilgereeva EP, Anuchina AA, Zaynitdinova MI, Slesarenko YaS., Ershova AS, Ustinov KD, Yasinovsky MI, Amelina EL, Voronina ES, Yakushina VD, Tabakov VYu, Lavrov AV. P.F508del editing in cells from cystic fibrosis patients. PLoS ONE 15(11): e0242094. https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0242094
16. Kondrateva E, Demchenko A, Slesarenko Y, Pozhitnova V, Yasinovsky M, Amelina E, Tabakov V, Voronina E, Lavrov A, Smirnikhina S. Generation of two induced pluripotent stem cell lines (RCMGi004-A and -B) from human skin fibroblasts of a cystic fibrosis patient with compound heterozygous F508del/W1282X mutations. Stem Cell Research, 2021, Volume 52, April 2021, 102232. DOI: 10.1016/j.scr.2021.102232. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1873506121000787?via%3Dihub
17. Kondrateva E., Demchenko A., Slesarenko Y., Yasinovsky M., Amelina E., Tabakov V., Voronina E., Lavrov A., Smirnikhina S. Derivation of iPSC line (RCMGi002-A) from dermal fibroblasts of a cystic fibrosis female patient with homozygous F508del mutation. Stem Cell Research, 2021, Volume 53, May 2021, 102251, DOI: 10.1016/j.scr.2021.102251. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1873506121000970?via%3Dihub
18. Kochergin-Nikitsky K, Belova L, Lavrov A, Smirnikhina S. Tissue and cell-type-specific transduction using rAAV vectors in lung diseases. J Mol Med (Berl). 2021 Aug;99(8):1057-1071. doi: 10.1007/s00109-021-02086-y. Epub 2021 May 21. PMID: 34021360. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00109-021-02086-y
19. Zaynitdinova MI, Lavrov AV, Smirnikhina SA. Animal models for researching approaches to therapy of Duchenne muscular dystrophy. Transgenic Res. 2021 Aug 18. doi: 10.1007/s11248-021-00278-3. Epub ahead of print. PMID: 34409525. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11248-021-00278-3
20. Slesarenko YS, Lavrov AV, Smirnikhina SA. Off-target effects of base editors: what we know and how we can reduce it. Curr Genet. 2021 Sep 13. doi: 10.1007/s00294-021-01211-1. Epub ahead of print. PMID: 34515826. https://link.springer.com/article/10.1007/s00294-021-01211-1
21. Polla DL, Fard MAF, Tabatabaei Z, Habibzadeh P, Levchenko OA, et al. Biallelic variants in TMEM222 cause a new autosomal recessive neurodevelopmental disorder. Genetics in Medicine, 2021, https://doi.org/10.1038/s41436-021-01133-w. https://www.nature.com/articles/s41436-021-01133-w
22. Voisin N, Schnur RE, Douzgou S, et al. Variants in the degron of AFF3 are associated with intellectual disability, mesomelic dysplasia, horseshoe kidney, and epileptic encephalopathy. Am J Hum Genet. 2021;108(5):857-873. doi:10.1016/j.ajhg.2021.04.001. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002929721001324?via%3Dihub

Подготовленные за последние годы диссертации:

Лавров А.В. Молекулярно-генетическая характеристика наследственного гемохроматоза у российских больных, 2004 год

Смирнихина С.А. Оценка трансфекции гена VEGF121 в мультипотентные стромальные клетки человека невирусными методами, 2011 год

Телефоны: +7-499-324-3579, +7-499-612-9989

Лаборатория редактирования генома была создана 1 января 2019 года в результате выделения группы по геномному редактированию из состава лаборатории мутагенеза.

Усилия лаборатории сфокусированы на теме геномного редактирования, в рамках которой проводятся фундаментальные исследования, направленные на повышение уровня гомологичной рекомбинации при редактировании с помощью CRISPR/Cas9, а также прикладные исследования для разработки лечения наследственных моногенных заболеваний. В лаборатории проводятся следующие работы: 1) редактирование гена CFTR и наиболее частой мутации F508del для лечения муковисцидоза; 2) редактирование мутаций для лечения наследственных форм миопатий (дисферлинопатий, десминопатий); 3) редактирование мутаций при гликогенозе 1а типа. В лаборатории используют весь современный арсенал геномных редакторов, включая новейшие методы – редакторы оснований и праймированное редактирование.

Муковисцидоз является одним из самых частых моногенных заболеваний. В результате мутаций в гене белка канала для ионов хлора (CFTR) нарушается электролитный состав внеклеточной среды, что проявляется нарушением работы многих органов. В клинической картине заболевания доминирует легочная симптоматика. Патология легких в конечном итоге определяет прогноз и выживаемость. Этиотропной терапии данного заболевания не существует. Появившиеся технологии высокоэффективного таргетного редактирован я генома позволяют надеяться, что такая терапия будет разработана в ближайшее будущее для многих наследственных заболеваний. С помощью технологии таргетных нуклеаз CRISPR/Cas9 мы разрабатываем метод коррекции самой частой мутации при муковисцидозе CFTR p.F508del.