Лаборатория эпигенетики

Молекулярные основы наследственной патологии сегодня являются наиболее изучаемой проблемой медицинской и молекулярной генетики. Развитие этой области науки в последние годы показало, что расшифровка нуклеотидной последовательности является только одним из первых шагов к пониманию закономерностей функционирования генома в целом. Изучение структурно-функциональной организации хромосомных районов, модификаций ДНК и функции «концерта генов» в норме и при патологии выходит на одно из первых мест.

Явления импринтинга, эффекта положения и структурно-функциональной организации хроматина в конкретном хромосомном локусе определяют характер экспрессии генов. Изменения в экспрессии гена без каких-либо структурных нарушений в его нуклеотидной последовательности классифицируются как эпигенетические. Механизмами такой патологии являются аномалии метилирования промоторных и регуляторных областей гена, динамические (амплификация микросателлитных повторов) и точковые мутации в регуляторных областях, транспозиции повторяющихся элементов генома, нарушения структуры и функции хроматина, аномалии экспрессии некодирующих РНК. Нарушения эпигенетической регуляции активности генов, связанные с аномальным метилированием/деметилированием CpG-островков, являются одним из универсальных свойств геномов злокачественных новообразований.

Направления работы лаборатории включают в себя: 

• полный цикл эпигеномных исследований от разработки методов анализа эпигеномов до получения и анализа эпигеномных данных как в области онкологии, так и применительно к наследственным и врожденным синдромам, в том числе болезням нарушения геномного импринтинга;
• изучение и диагностика опухолевых заболеваний и мальформаций детского возраста, вызванных соматическими мутациями, не унаследованными от родителей (например, PROS – синдромы избыточного роста, ассоциированные с мутациями гена PIK3CA);
• разработка и внедрение способов молекулярной диагностики наследственных заболеваний на основе анализа экспрессии генов и эпигенетических профилей (состояния метилирования ДНК).

1. Kekeeva T., Dudina I., Andreeva Y., Tanas A., Kalinkin A., Musatova V., Chernorubashkina N., Khokhlova S., Tikhomirova T., Volkonsky M., Kutsev S., Zaletaev D., Strelnikov V. Molecular Subgroups of HRD Positive Ovarian Cancer and Their Prognostic Significance //International Journal of Molecular Sciences. – 2024. – Т. 25. – №. 24. – С. 13549. DOI: 10.3390/ijms252413549
2. Iusupova A.O., Pakhtusov N.N., Slepova O.A., Khabarova N.V., Privalova E.V., Bure I.V., Nemtsova M.V., Belenkov Y.N. MiRNA-34a, miRNA-145, and miRNA-222 Expression, Matrix Metalloproteinases, TNF-α and VEGF in Patients with Different Phenotypes of Coronary Artery Disease //International Journal of Molecular Sciences. – 2024. – Т. 25. – №. 23. – С. 12978. DOI: 10.3390/ijms252312978
3. Karandasheva K.O., Makashova E.S., Ageeva F.A., Anoshkin K.I., Sparber P.A., Borovikov A.O., Vasiluev P.A., Pashchenko M.S., Tanas A.S., Strelnikov V.V. Role of Molecular Genetic Factors in Formation of the Clinical Type of Neurofibromatosis Type 2 //Russian Journal of Genetics. – 2024. – Т. 60. – №. 2. – С. 210-219. DOI: 10.1134/S1022795424020054
4. Sigin V.O., Kalinkin A.I., Nikolaeva A.F., Ignatova E.O., Kuznetsova E.B., Chesnokova G.G., Litviakov N.V., Tsyganov M.M., Ibragimova M.K., Vinogradov I.I., Vinogradov M.I., Vinogradov I.Y., Zaletaev D.V., Nemtsova M.V., Kutsev S.I., Tanas A.S., Strelnikov V.V. DNA Methylation and Prospects for Predicting the Therapeutic Effect of Neoadjuvant Chemotherapy for Triple-Negative and Luminal B Breast Cancer //Cancers. – 2023. – Т. 15. – №. 5. – С. 1630. DOI: 10.3390/cancers15051630
5. Bure I.V., Nemtsova M.V. Mutual Regulation of ncRNAs and Chromatin Remodeling Complexes in Normal and Pathological Conditions //International Journal of Molecular Sciences. – 2023. – Т. 24. – №. 9. – С. 7848. doi:10.3390/ijms24097848
6. Makarova M., Nemtsova M., Danishevich A., Chernevskiy D., Belenikin M., Krinitsina A., Baranova E., Sagaydak O., Vorontsova M., Khatkov I., Zhukova L., Bodunova N., Nikolaev S., Byakhova M., Semenova A., Galkin V., Gadzhieva S. The CFTR Gene Germline Heterozygous Pathogenic Variants in Russian Patients with Malignant Neoplasms and Healthy Carriers: 11,800 WGS Results //International Journal of Molecular Sciences. – 2023. – Т. 24. – №. 9. – С. 7940. doi:10.3390/ijms24097940
7. Kekeeva T., Andreeva Yu., Tanas A., Kalinkin A., Khokhlova S., Tikhomirova T., Tyulyandina A., Popov A., Kuzmenko M., Volkonsky M., Chernorubashkina N., Saevets V., Dmitriev V., Nechushkina V., Vedrova O., Andreev S., Kutsev S., Strelnikov V. HRD testing of ovarian cancer in routine practice: what we're dealing with? //International Journal of Molecular Sciences. – 2023. – Т. 24. – №. 13. – С. 10497. DOI: 10.3390/ijms241310497
8. Boichuk S, Dunaev P, Skripova V, Galembikova A, Bikinieva F, Shagimardanova E, Gazizova G, Deviatiiarov R, Valeeva E, Mikheeva E, Vasileva M, Kopnin P, Strelnikov V, Kiyamova R. Unraveling the Mechanisms of Sensitivity to Anti-FGF Therapies in Imatinib-Resistant Gastrointestinal Stromal Tumors (GIST) Lacking Secondary KIT Mutations //Cancers. 2023; 15(22):5354. https://doi.org/10.3390/cancers15225354
9. Nemtsova MV, Kuznetsova EB, Bure IV. Chromosomal Instability in Gastric Cancer: Role in Tumor Development, Progression, and Therapy. International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(23):16961. https://doi.org/10.3390/ijms242316961
10. Kalinkin A.I., Sigin V.O., Kuznetsova E.B., Ignatova E.O., Vinogradov I.I., Vinogradov M.I., Vinogradov I.Y., Zaletaev D.V., Nemtsova M.V., Kutsev S.I., Tanas A.S., Strelnikov V.V. Epigenomic Profiling Advises Therapeutic Potential of Leukotriene Receptor Inhibitors for a Subset of Triple-Negative Breast Tumors //International Journal of Molecular Sciences. – 2023. – Т. 24. – №. 24. – С. 17343. DOI: 10.3390/ijms242417343
11. Iusupova, A.O.; Pakhtusov, N.N.; Slepova, O.A.; Belenkov, Y.N.; Privalova, E.V.; Bure, I.V.; Vetchinkina, E.A.; Nemtsova, M.V. MiRNA-21a, miRNA-145, and miRNA-221 Expression and Their Correlations with WNT Proteins in Patients with Obstructive and Non-Obstructive Coronary Artery Disease. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 17613. DOI: 10.3390/ijms242417613
12. Danishevich A., Bilyalov A., Nikolaev S., Khalikov N., Isaeva D., Levina Y., Makarova M., Nemtsova M., Chernevskiy D., Sagaydak O., Baranova E., Vorontsova M., Byakhova M., Semenova A., Galkin V., Khatkov I., Gadzhieva S., Bodunova N. CDKN2A Gene Mutations: Implications for Hereditary Cancer Syndromes. Biomedicines. 2023; 11(12):3343. DOI: 10.3390/biomedicines11123343
13. Kechin A., Boyarskikh U., Barinov A., Tanas A., Kazakova S., Zhevlova A., Khrapov E., Subbotin S., Mishukova O., Kekeeva T., Demidova I., Filipenko M. A spectrum of BRCA1 and BRCA2 germline deleterious variants in ovarian cancer in Russia //Breast Cancer Research and Treatment. – 2023. – Т. 197. – №. 2. – С. 387-395. DOI: 10.1007/s10549-022-06782-2
14. Lebedeva A., Timokhin G., Ignatova E., Kavun A., Veselovsky E., Sharova M., Mileyko V., Yakushina V., Kuznetsova O., Stepanova M., Shilo P., Moiseenko F., Volkov N., Plaksa I., Isaev A., Gayryan M., Artemyeva E., Zhabina A., Kramchaninov M., Shamrikova V., Pokataev I., Rumyantsev A., Ledin E., Alexey Tryakin., Fedyanin M., Ivanov M. Utility of public knowledge bases for the interpretation of comprehensive tumor molecular profiling results //Clinical and Experimental Medicine. – 2023. – С. 1-12. DOI: 10.1007/s10238-023-01011-6
15. Bychkova E, Dorofeeva M, Levov A, Kislyakov A, Karandasheva K, Strelnikov V, Anoshkin K. Specific Features of Focal Cortical Dysplasia in Tuberous Sclerosis Complex. Current Issues in Molecular Biology. 2023, Volume 45, Issue 5, 3977-3996. doi: 10.3390/cimb45050254
16. Mikhaylenko DS, Kuznetsova EB, Musatova VV, Bure IV, Deryagina TA, Alekseeva EA, Tarasov VV, Zamyatnin AA Jr., Nemtsova MV. Genetic and Clinical Factors Associated with Olokizumab Treatment in Russian Patients with Rheumatoid Arthritis //Journal of Personalized Medicine. – 2022. – Vol. 12. № 4. – Article 641. DOI: 10.3390/jpm12040641
17. Bure IV, Nemtsova MV, Kuznetsova EB. Histone Modifications and Non-Coding RNAs: Mutual Epigenetic Regulation and Role in Pathogenesis //International Journal of Molecular Sciences. – 2022. - Vol. 23. - № 10. - Article 5801. DOI: 10.3390/ijms23105801
18. Lebedeva A, Shaykhutdinova Y, Seriak D, Ignatova E, Rozhavskaya E, Vardhan D, Manicka S, Sharova M, Grigoreva T, Baranova A, Mileyko V. Incidental germline findings during molecular profiling of tumor tissues for precision oncology: molecular survey and methodological obstacles //Journal of Translational Medicine. – 2022. – Vol. 20. - № 1. - Article 29. DOI: 10.1186/s12967-022-03230-z
19. Anoshkin K, Zosen D, Karandasheva K, Untesco M, Volodin I, Alekseeva E, Parfenenkova A, Snegova E, Kim A, Dorofeeva M, Kutsev S, Strelnikov V. Pediatric chordoma associated with tuberous sclerosis complex: A rare case report with a thorough analysis of potential therapeutic molecular targets. Heliyon. – 2022. - e10291. DOI: 10.1016/j.heliyon.2022.e10291
20. Fontana E, Ignatova E. Mind the target: circulating tumour DNA in gastrointestinal malignancies //Current Opinion in Oncology. – 2022. - Vol. 34. - № 4. – pp. 395-402. DOI: 10.1097/CCO.0000000000000846
21. D.V. Zaletaev, M.V. Nemtsova, V.V. Strelnikov. Epigenetic Regulation Disturbances on Gene Expression in Imprinting Diseases //Molecular Biology, 2022, Vol. 56, No. 1, pp. 1–28. DOI: 10.1134/S0026893321050149

1. Сигин Владимир Олегович, 2021 г.: «Маркеры метилирования ДНК в оценке ответа на неоадъювантную химиотерапию при раке молочной железы», к.б.н., 1.5.7. – генетика
2. Грушкэ Ирина Григорьевна, 2020 г.: «Клинический полиморфизм наследственных заболеваний сетчатки при мутациях в генах ABCA4, PROM1, ELOVL4 и CNGB3», к.м.н., 14.01.07 – глазные болезни
3. Аношкин Кирилл Игоревич, 2019 г.: «Молекулярно-генетические аспекты туберозного склероза и спорадической ангиомиолипомы почки, связанных с мутациями в генах комплекса туберозного склероза», к.м.н., 03.02.07– генетика
4. Жоржоладзе Нино Владимировна, 2017 г.: «Клинический и молекулярно-генетический анализ болезни Штаргардта», к.м.н., 14.01.07 – глазные болезни
5. Алексеева Екатерина Александровна, 2015 г.: «Структурные и эпигенетические нарушения генома человека при глиобластоме», к.б.н., 03.02.07 – генетика
6. Шикеева Амуланг Алексеевна, 2014 г.: «Молекулярно-генетические изменения при немелкоклеточном раке легкого», к.м.н., 03.02.07 – генетика, 14.01.12 – онкология
7. Бабаян Анна Юрьевна, 2013 г.: «Анализ молекулярно-генетических нарушений в генезе рака мочевого пузыря», к.б.н., 03.02.07 – генетика
8. Стрельников Владимир Викторович, 2012 г.: «Комплексное исследование метилотипов злокачественных новообразований: фундаментальные и прикладные аспекты», д.б.н., 03.02.07 – генетика
9. Руденко Виктория Владимировна, 2012 г.: «Новые маркеры аномального метилирования ДНК при раке молочной железы, идентифицированные непредвзятым скринингом дифференциального метилирования геномов», к.б.н., 03.02.07 – генетика
10. Танас Александр Сергеевич, 2012 г.: «Анализ дифференциального метилирования геномов методами непредвзятого скрининга», к.б.н., 03.02.07 – генетика, 03.01.09 – математическая биология, биоинформатика
11. Манохина Ирина Константиновна, 2009 г.: «Характеристика молекулярной патологии в увеальных меланомах», к.м.н., 03.02.07 – генетика
12. Кузнецова Екатерина Борисовна, 2006 г.: «Идентификация и характеристика новых маркеров метилирования и экспрессии генов, вовлеченных в канцерогенез, при раке молочной железы», к.б.н., 03.00.15 – генетика
13. Землякова Валерия Владимировна, 2003 г.: «Исследование метилирования ряда генов, вовлеченных в канцерогенез, в различных типах опухолей», к.б.н., 03.00.15 - генетика
14. Немцова Марина Вячеславовна, 2002 г.: «Нарушения эпигенетической регуляции экспрессии генов как новый класс молекулярной патологии», д.б.н., 03.00.15 - генетика
15. Бабенко Ольга Владимировна, 2001 г.: «Характеристика спектра молекулярной патологии при ретинобластоме и разработка ДНК-диагностического протокола», к.б.н., 03.00.15 - генетика
16. Стрельников Владимир Викторович, 2000 г.: «Изучение структурных и функциональных нарушений Х-хромосомы, приводящих к различным формам Х-сцепленной умственной отсталости», к.б.н., 03.00.15 - генетика

1. Медвестник. 14.01.2019 г. Ученые МГНЦ разработали эпигеномную классификацию рака молочной железы.
2. Портал РНФ. 15.01.2019 г. Ученые МГНЦ разработали эпигеномную классификацию рака молочной железы.
3. МИА - Медицинское информационное агентство. 15.01.2019 г. Генетика на страже здоровья россиян.
4. Московский комсомолец. 22.01.2019.  Московские врачи научились предсказывать эффективность химиотерапии при раке молочной железы.
5. Genetics-info. 13.03. 2021 г. Генетики МГНЦ предполагают, что можно повысить эффективность терапии при HER2 позитивном раке молочной железы.
6. Tobewell - медицинский навигатор для онкологических пациентов. 19.04.2021 г. Генетики МГНЦ предполагают, что можно повысить эффективность терапии при HER2 позитивном раке молочной железы.
7. ТАСС наука. 27.06. 2020 г. Ученые выяснили, как предсказать итоги предоперационной химиотерапии рака груди.
8. Genetics-info. 28.07.2020 г. Генетики МГНЦ предложили метод прогноза эффективности предоперационной химиотерапии при люминальном-В подтипе рака молочной железы.
9. Inforeactor. 27.07.2020 г. Российские ученые нашли способ предугадать эффективность химиотерапии.
10. РНФ новости. 28.07.2020 г. Генетики предложили метод прогноза эффективности химиотерапии перед удалением опухоли груди.
11. Пресс-центр МГНЦ. 28.10.2020 г. Владимир Стрельников принял участие в Лекториуме РНФ в рамках всероссийского фестиваля NAUKA 0+.
12. Лекторий фестиваля Наука 0+. 10.10.2021 г. Эпигенетический портрет раковой опухоли: как ученые изучают рак и какие инструменты они дают врачам для победы над болезнью.
13. tobewell - медицинский навигатор для онкологических пациентов. 02.01.2021 г. Специалисты МГНЦ выявили грубые нарушения в диагностике ретинобластомы.
14. tobewell - медицинский навигатор для онкологических пациентов. 19.04.2021 г. Генетики МГНЦ предполагают, что можно повысить эффективность терапии при HER2 позитивном раке молочной железы.
15. genetics-info. 13.03.2021 г. Генетики МГНЦ предполагают, что можно повысить эффективность терапии при HER2 позитивном раке молочной железы.
16. genetics-info. 13.03.2021 г. Генетики МГНЦ предполагают, что можно повысить эффективность терапии при HER2 позитивном раке молочной железы.
17. Портал министерства науки и высшего образования РФ. 04.02.2022 г. Как российские ученые работают в области онкологии.
18. Радио России. 01.03.2024 г. Российский радиоуниверситет - Эпигенетика и генетические болезни. Когда включаются и выключаются гены.
19. Радио России. 22.03.2024 г. Российский радиоуниверситет - Выпуск 1269 Онкоэпигенетика. Как найти и выключить опасные гены.