Опубликовано самое масштабное на сегодняшний день исследование вариантов сплайсинга в гене PAX6

Патогенные варианты в гене PAX6 нарушают формирование структур глаза и приводят к развитию ряда зрительных аномалий, самым распространенным из которых является аниридия – редкое врожденное заболевание, характеризующееся полным или частичным отсутствием радужной оболочки глаза. На сегодняшний день описано более 700 патогенных вариантов в данном гене, до 15% из них нарушают нормальный сплайсинг пре-мРНК. Однако доля вариантов сплайсинга может быть значительно выше, поскольку точно установить их патогенность возможно только экспериментально.

Сотрудники отдела функциональной геномики Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова проанализировали все ранее описанные однонуклеотидные замены (single nucleotide variant, SNV) в гене PAX6, выявленные у пациентов со зрительными аномалиями, и оценили их потенциальную возможность повлиять на сплайсинг.

Биоинформатический анализ показал, что не менее 30 интронных и 20 экзонных ранее описанных варианта PAX6 могут быть ошибочно проаннотированы, поскольку их патогенность или ее реальный молекулярный механизм определены неверно.

Для экспериментальной оценки влияния вариантов на сплайсинг была разработана система из 8 минигенов, экспрессирующих все кодирующие экзоны гена PAX6. Полученная система позволила функционально охарактеризовать и подтвердить патогенность 18 ранее описанных интронных вариантов гена PAX6. Также с ее помощью было показано, что 13 ранее описанных экзонных вариантов гена PAX6, неверно проаннотированы как синонимичные, миссенс- и нонсенс-варианты, тогда как их патогенность в действительности обусловлена нарушением сплайсинга.

Разработанная система позволила по-новому взглянуть на место вариантов сплайсинга в структуре патогенных вариантов гена PAX6. Кроме того, ее использование может повысить точность интерпретации новых вариантов, выявляемых при диагностике аниридии и других PAX6-ассоциированных заболеваний.

Работа опубликована в журнале «Journal of Cellular and Molecular Medicine» (IF 4.3).

Kseniya Davydenko, Alexandra Filatova, Mikhail Skoblov, Assessing Splicing Variants in the PAX6 Gene: A Comprehensive Minigene Approach. 25 March 2025. https://doi.org/10.1111/jcmm.70459

На фото коллектив авторов: Филатова А.Ю., Скоблов М.Ю., Давыденко K.А.