Специалисты МГНЦ исследовали сплайсинговые варианты в гене DEPDC5 у пациентов с эпилепсией

Специалисты Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова завершили совместную работу по исследованию вариантов в гене DEPDC5. Статья, в которой авторы подробно описали суть и результаты работы, опубликована в международном научном журнале «Epilepsia». Это ведущее, авторитетное издание Международной лиги по борьбе с эпилепсией (ILAE).

Фокальная эпилепсия – наиболее распространенный тип эпилепсии, на долю которого приходится 60-70% всех случаев этого заболевания.

Как рассказал заведующий отделом функциональной геномики МГНЦ, доцент кафедры молекулярной генетики и биоинформатики ИВиДПО МГНЦ, к.б.н. Михаил Скоблов, это исследование направлено на изучение роли сплайсинговых вариантов в гене DEPDC5, который обычно ассоциируется с семейными фокальными эпилепсиями.

«Герминальные гетерозиготные варианты в генах, кодирующих компоненты комплекса GATOR1 (DEPDC5, NPRL2 и NPRL3), часто выявляются при ДНК-диагностике у пациентов с эпилепсией. Однако сплайсинговые варианты в этих генах остаются малоизученными. В данной работе мы провели системный анализ как интронных, так и экзонных сплайсинговых вариантов и разработали потенциальную стратегию для коррекции патологических последствий таких вариантов», – пояснил эксперт.

В опубликованной работе было проведено клиническое и молекулярное исследование российских пациентов из четырех семей, у которых были найдены интронные и экзонные варианты в гене DEPDC5. Для исследования патогенности вариантов были проведены функциональные исследования на крови и фибробластах пациентов, которые показали различные механизмы влияния вариантов на сплайсинг и доказали их патогенность.

Также исследователи провели анализ опубликованных вариантов гена DEPDC5, и обнаружили, что около 14% всех вариантов в этом гене могут влиять на сплайсинг согласно предсказаниям SpliceAI. Такая оценка была проведена впервые в мире.

С помощью разработанных систем минигенов для нескольких экзонных вариантов были проведены эксперименты по функциональному анализу, которые выявили различные механизмы нарушения сплайсинга для исследуемых вариантов.

Для одного из сплайсинговых вариантов, обнаруженных у российского пациента, были разработаны различные системы по коррекции сплайсинга. Наиболее эффективная snRNA, доставленная с помощью лентивирусной трансдукции, была успешно применена в экспериментах на культуре фибробластов пациента. В результате был продемонстрирован новый терапевтический подход, который открывает перспективы для разработки персонализированных стратегий лечения.

Ученые считают, что исследование поможет лучше понять, как «работают» сплайсинговые варианты в гене DEPDC5 и какова их роль в фокальных эпилепсиях.

Авторы:

Евгения Осипова, Игорь Бычков, Александра Филатова, Артем Боровиков, Артем Шарков, Снежана Шаркова, Дмитрий Саушев, Екатерина Лозье, Вячеслав Табаков, Михаил Скоблов

Подробно смотрите на нашем RUTUBE-канале