Эксперты подвели предварительные итоги медицинской части Национальной генетической инициативы «100 000+Я»

Проект реализует «Биотехнологический кампус» в рамках федеральной научно-технической программы развития генетических технологий, технологическим партнером которой является ПАО «НК «Роснефть».

В рамках проекта собрана одна из крупнейших в России база полногеномных данных.

«Наша база высококачественных полных геномов состоит из двух частей. Половина базы – это геномы здоровых волонтеров из различных регионов страны. Этот популяционный раздел базы позволяет определять частоты генетических вариантов у здорового населения и позволяет отсечь часто встречающиеся варианты, которые отражают генетическое разнообразие россиян и не имеют медицинского значения. Другая половина базы – медицинская. В ней хранятся геномы пациентов различных медицинских учреждений и, в ряде случаев, родственников этих пациентов», – рассказал генеральный директор «Биотехнологический кампус», научный руководитель Национальной генетической инициативы «100 000 + Я», д.б.н., профессор Константин Северинов.

Одним из ключевых медицинским партнером проекта выступает Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова, головное учреждение в сфере медицинской генетики в России, референсный центр федеральной программы расширенного неонатального скрининга. Полногеномные исследования в ряде случаев помогают установить диагноз наследственного заболевания, когда другие методы (исследование отдельных генов, панелей, экзомов) не позволяют выяснить причину заболевания.

Специалисты МГНЦ направили для полногеномного секвенирования в рамках Национальной генетической инициативы «100 000 + Я» более 20 тысяч образцов, это около 12 тысяч пациентов и их родственников. Треть направленных образцов прошла все этапы обработки от секвенирования до написания клинического заключения и консультации семей врачами-генетиками.

Среди больных в трети случаев (29%) полногеномные исследования позволили установить однозначный диагноз, то есть были выявлены патогенные варианты. В 3012 случаях результаты полногеномных тестов выявили варианты неопределенного клинического значения. Для подтверждения их патогенности в Медико-генетическом научном центре имени академика Н.П. Бочкова будут проводиться дополнительные научные эксперименты.

«На сегодня исследование полного генома – наиболее информативный метод молекулярной диагностики. Использование его в клинической практике позволило выявлять патогенные изменения, приводящие к заболеваниям, в тех областях генома, которые еще 20 лет назад были недоступны для анализа. Это привело и к росту числа описанных наследственных заболеваний, в том числе, уникальных, которыми страдает всего несколько человек в мире, и к более полному пониманию причин развития патологии. Однако до сих пор геном хранит много тайн. Причины заболевания даже при исследовании полного генома выявляются по разным данным в среднем у 40-60% пациентов. В остальных случаях они скрыты. Накопление знаний по вариабельности генома, в том числе, создание баз данных, в этом и подобных проектах, позволяет более глубоко исследовать причины и механизмы развития заболеваний», – рассказала начальник информационно-аналитического отдела, заведующая лабораторией молекулярно-генетической диагностики №3 Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова, врач-лабораторный генетик, к.м.н. Оксана Рыжкова.

«За каждым полногеномным исследованием стоит интенсивная аналитическая работа команды специалистов. Именно тесное взаимодействие клинических генетиков, работающих непосредственно с пациентом и семьей, лабораторных генетиков и биоинформатиков, которые выполняют исследование генома, расшифровывают генетический код и находят значимые изменения в геноме и сопоставляют их с клинической картиной пациента, установленной врачом-генетиком. Это позволяет превратить миллионы генетических «сигналов» в точный диагноз. Кроме того, мы исследуем одновременно геномы ребенка и обоих родителей, то есть проводим полногеномное секвенирование в формате «трио». Это дает возможность точно определить, какие генетические варианты унаследованы, а какие возникли впервые, существенно ускорить поиск причин заболевания и повысить точность диагностики. Например, у ребенка, страдающего тяжелой формой эпилепсии и задержкой развития, при полногеномном секвенировании в формате «трио» мы обнаружили причину заболевания в гене, связанном с развитием мозга, а у родителей — вариант, связанный с риском сердечной патологии. Это позволило не только поставить диагноз ребенку, но и спланировать здоровую следующую беременность», – подчеркнула заведующая Научно-консультативным отделом Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова, врач-генетик, д.м.н. Татьяна Маркова.

Создание базы данных полногеномных исследований имеет большие перспективы для развития медицинской генетики.

«Если рассматривать в перспективе скрининг полногеномными методами, необходима референсная база. Собранная база данных включает в себя различные этнические группы, поскольку врачам-генетикам необходимо иметь сведения о частотах встречаемости генетических вариантов в Российской Федерации, это исключительно важно для диагностического процесса. Частоты – это тот базис, который позволяет работать с биоинформатическими данными. До сих пор в мире полногеномные исследования проводились, в основном, в научных целях, как правило, популяционно-генетических. Они были связаны с анализом происхождения этносов, миграционных процессов, другими фундаментальными задачами. Сегодня все чаще полногеномные методы используются в клинической практике, и в перспективе, учитывая снижение их стоимости и формирование баз данных, они могли бы стать методами первой линии диагностики», – отметил директор Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова, главный внештатный генетик Минздрава России, академик РАН Сергей Куцев.