Лаборатория молекулярно-генетической диагностики 3

Лаборатория молекулярно-генетической диагностики №3 является структурным подразделением Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова.

Лаборатория осуществляет оказание населению первичной-медико-санитарной помощи, не включённой в базовую программу ОМС, а именно проведение молекулярно-генетической диагностики обратившимся с подозрением на наследственную и/или врождённую патологию и членам семей, как возможным носителям наследственной и/или врождённой патологии. 

С появлением новейших методов молекулярной диагностики – массового параллельного секвенирования (МПС или NGS), для их внедрения и эффективного применения в клинической практике и была создана ЛМГД №3. Клинический анализ данных NGS служит важнейшим инструментом для преобразования сложных данных секвенирования в практические клинические знания.

Наша команда объединяет экспертов с глубокими знаниями в области клинической биоинформатики, генетики и молекулярной биологии. Это позволяет эффективно интерпретировать данные и предоставлять точные, клинически значимые результаты. Мы активно взаимодействуем с врачами, учеными и специалистами смежных областей, обеспечивая интегративный подход к решению задач и внедрению инновационных решений в медицину.

В настоящее время в лаборатории выполняются более 17 видов молекулярно-генетических тестов, включая секвенирование по Сенгеру ДНК и РНК, секвенирование NGS, анализ и переанализ «сырых» данных экзомов и геномов. Проводится молекулярно-генетическая диагностика всех наследственных менделирующих заболеваний. Также лаборатория участвует в программе расширенного неонатального скрининга.

Секвенирование

• Проведение молекулярно-генетических анализов методами массового параллельного секвенирования.

Обработка и анализ данных NGS

• Выявление генетических вариантов (SNP, инделы, CNV, структурные вариации) с использованием биоинформатических инструментов.
• Аннотирование генетических вариантов с использованием клинических и популяционных баз данных (ClinVar, dbSNP, COSMIC, gnomAD).

Клиническая интерпретация данных

• Оценка клинической значимости выявленных генетических вариантов в контексте конкретных заболеваний, например, онкологических, наследственных, редких.
• Анализ данных в соответствии с международными стандартами и рекомендациями (ACMG, AMP, CAP/CLIA).
• Подготовка отчетов для клиницистов, включающих интерпретацию результатов.

Работа с клиническими базами данных

• Использование специализированных баз данных для поиска информации о патогенных вариантах, биомаркерах и терапевтических мишенях.
• Интеграция данных NGS с клиническими и фенотипическими данными пациента.
• Сотрудничество с клиницистами и исследователями
• Тесное взаимодействие с врачами, генетиками и другими специалистами для оказания консультативной помощи врачам лечебных отделений в выборе наиболее информативных лабораторных тестов и интерпретации данных.
• Участие в мультидисциплинарных командах для разработки персонализированных подходов к лечению.
• Подготовка и повышение квалификации специалистов в области лабораторной генетики и смежных дисциплин.

Обеспечение качества и соблюдение стандартов

• Контроль качества на всех этапах анализа данных.
• Оценка эффективности существующих решений для «панельного», экзомного, геномного секвенирования.
• Оценка качества секвенирования на различных платформах (Illumina, BGI и др.)

Научные исследования и инновации

• Поиск генов, не описанных ранее как клинически значимые, патогенные варианты в которых приводят к развитию наследственного заболевания; поиск новых фенотипов, ассоциированных с известными клинически значимыми генами, в которых ранее были описаны другие фенотипы.
• Поиск этиологических и патогенетических причин гетерогенности наследственных заболеваний.
• Проведение прикладных и фундаментальных исследований, направленных на улучшение методов анализа геномных данных.
• Публикация научных работ и представление результатов на российских и международных конференциях.

1. Shatokhina O, Kovalskaia V, Sparber P, Sharkova I, Mishina I, Kuznetsova V, Ryzhkova O. TRA2B Gene Splice Variant Linked to Seizures and Neurodevelopmental Delay: A Second Case Study. International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(21):15572. https://doi.org/10.3390/ijms242115572
2. Kovalskaia, V.A.; Kungurtseva, A.L.; Bostanova, F.M.; Vasiliev, P.A.; Tabakov, V.Y.; Orlova, M.D.; Povolotskaya, I.S.; Novoselova, O.G.; Bikanov, R.A.; Akhyamova, M.A.; et al. The Genetic Basis of the First Patient with Wiedemann–Rautenstrauch Syndrome in the Russian Federation. Genes 2024, 15, 180. https://doi.org/10.3390/genes15020180
3. Shatokhina O, Bostanova S, Bulakh M, Beresneva A, Ryzhkova O. The first case of a point pathogenic variant in the RREB1 gene in Noonan-like Rasopathy. Clin Genet. 2024 May;105(5):573-580. doi: 10.1111/cge.14496. PMID: 38332451.
4. Orlova A, Guseva D, Demina N, Polyakov A, Ryzhkova O. Spectrum of Mutations in PTPN11 in Russian Cohort. Genes. 2024; 15(3):345. https://doi.org/10.3390/genes15030345
5. Сухих Г.Т., Трофимов Д.Ю., Шубина Е., Дегтярев Д.Н., Масленников Д.Н., Мукосей И.С., Кочеткова Т.О., Толмачева Е.Р., Саделов И.О., Большакова А.С., Барков И.Ю., Рыжкова О.П., Хмелькова Д.Н., Мусатова Е.В., Зобкова Г.Ю., Смирнова А.В., Молодцова-Золотухина Д.В., Лебедев И.Н., Кудрявцева Е.В., Глотов А.С., Забненкова В.В., Гринь О.С., Некотенева М.В., Пономарева Д.В., Кубышкин А.В. МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ «ПРИМЕНЕНИЕ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ И МОЛЕКУЛЯРНОГО КАРИОТИПИРОВАНИЯ НА МИКРОМАТРИЦАХ В ПРЕНАТАЛЬНЫЙ ПЕРИОД» Акушерство и гинекология. 2024; 3 (Приложение): 25-43 https://dx.doi.org/10.18565/aig.2024.52
6. Marakhonov AV, Efimova IY, Mukhina AA, Zinchenko RA, Balinova NV, Rodina Y, Pershin D, Ryzhkova OP, Orlova AA, Zabnenkova VV, Cherevatova TB, Beskorovainaya TS, Shchagina OA, Polyakov AV, Markova ZG, Minzhenkova ME, Shilova NV, Larin SS, Khadzhieva MB, Dudina ES, Kalinina EV, Mudaeva DA, Saydaeva DH, Matulevich SA, Belyashova EY, Yakubovskiy GI, Tebieva IS, Gabisova YV, Irinina NA, Nurgalieva LR, Saifullina EV, Belyaeva TI, Romanova OS, Voronin SV, Shcherbina A, Kutsev SI. Newborn Screening for Severe T and B Cell Lymphopenia Using TREC/KREC Detection: A Large-Scale Pilot Study of 202,908 Newborns. J Clin Immunol. 2024 Apr 5;44(4):93. doi: 10.1007/s10875-024-01691-z. PMID: 38578360.
7. Bulakh M, Polyakova D, Dadali E, Rudenskaya G, Sharkova I, Markova T, Murtazina A, Demina N, Kurbatov S, Nikitina N, Udalova V, Polyakov A, Ryzhkova O. Genetic spectrum of sarcoglycanopathies in a cohort of Russian patients. Gene. 2024 Nov 15;927:148680. doi: 10.1016/j.gene.2024.148680. Epub 2024 Jun 12. PMID: 38876406.
8. Orlova M, Gundorova P, Kadnikova V and Polyakov A Spectrum of pathogenic variants and high prevalence of pathogenic BBS7 variants in Russian patients with Bardet–Biedl syndrome https://doi.org/10.3389/fgene.2024.1419025
9. Marakhonov A.V., Efimova I.Yu., Mukhina A.A., Zinchenko R.A., Balinova N.V., Rodina Yu., Pershin D., Ryzhkova O.P., Orlova A.A., Zabnenkova V.V., Cherevatova T.B., Beskorovainaya T.S., Shchagina O.A., Polyakov A.V., Markova Zh.G., Minzhenkova M.E., Shilova N.V., Larin S.S., Khadzhieva M.B., Dudina E.S., Kalinina E.V., Mudaeva D.A., Saydaeva D.H., Matulevich S.A., Belyashova E.Yu., Yakubovskiy G.I., Tebieva I.S., Gabisova Yu.V., Irinina N.A., Nurgalieva L.R., Saifullina E.V., Belyaeva T.I., Romanova O.S., Voronin S.V., Shcherbina A.Yu. & Kutsev S.I. 
10. Markova TG, Alekseeva NN, Ryzhkova OP, Shatokhina OL, Orlova AA, Zabnenkova VV, Groznova OS, Sagaydak OV, Chibisova SS, Polyakov AV, Tavartkiladze GA. Auditory Phenotype of a Novel Missense Variant in the CEACAM16 Gene in a Large Russian Family With Autosomal Dominant Nonsyndromic Hearing Loss. J Int Adv Otol. 2024 Mar 27;20(2):119-126. doi: 10.5152/iao.2024.231252. PMID: 39157884; PMCID: PMC11114206.
11. Kopernik A, Sayganova M, Zobkova G, et al. Sanger validation of WGS variants. Sci Rep. 2025;15(1):3621. Published 2025 Jan 29. doi:10.1038/s41598-025-87814-x
12. Tufatulin GS, Garbaruk ES, Lalayants MR, Markova TG, Mefodovskaya EK, Koroleva IV, Ryzhkova OP, Orlova MD, Shatokhina OL, Sugarova SB, Levin SV. A Case Report of Auditory Neuropathy Due to TWNK Gene Mutations. J Int Adv Otol. 2025 Jan 27;21(1):1-6. doi: 10.5152/iao.2025.241648. PMID: 39936838; PMCID: PMC11843263.
13. Gridina M, Lagunov T, Belokopytova P, Torgunakov N, Nuriddinov M, Nurislamov A, Nazarenko LP, Kashevarova AA, Lopatkina ME, Vasilyev S, Zuev A, Belyaeva EO, Salyukova OA, Cheremnykh AD, Sukhanova NN, Minzhenkova ME, Markova ZG, Demina NA, Stepanchuk Y, Khabarova A, Yan A, Valeev E, Koksharova G, Grigor'eva EV, Kokh N, Lukjanova T, Maximova Y, Musatova E, Shabanova E, Kechin A, Khrapov E, Boyarskih U, Ryzhkova O, Suntsova M, Matrosova A, Karoli M, Manakhov A, Filipenko M, Rogaev E, Shilova NV, Lebedev IN, Fishman V. Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants. Genome Med. 2025 May 7;17(1):47. doi: 10.1186/s13073-025-01471-3. PMID: 40336115; PMCID: PMC12060427.
14. Bryushkova EA, Shchoka EV, Lukyanov DK, Gikalo MB, Mushenkova N, Laktionov KK, Kazakov AM, Khalmurzaev OA, Matveev VB, Chudakov DM and Serebrovskaya EO (2025) FCRLs and atypical transcriptional pattern in tumor infiltrating B cells from lung and renal cancer. Front. Immunol. 16:1587088. doi: 10.3389/fimmu.2025.1587088
15. Н. В. Балинова, A. В. Марахонов, Г. И. Ельчинова, И. А. Хомякова, Н. Х. Спицына Анализ генофенотипических связей в популяционных исследованиях // Медицинская генетика. 2025.Том 24, №4. С. 25-30.
16. Ковальская В.А., Череватова Т.Б., Зинина Е.В., Степанова А.A., Щагина О.А., Поляков А.В., Рыжкова О.П. Прогностическая значимость инактивации X-хромосомы у женщин-носительниц мутаций в гене EDA. Медицинская генетика. 2025;24(6):66-69. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.06.66-69
17. Цабай П.Н., Батырова З.К., Кумыкова З.Х., Ковальская В.А., Сидорчук М.А., Гольцов А.Ю., Саделов И.О., Толмачева Е.Р., Уварова Е.В., Сухих Г.Т., Трофимов Д.Ю. Полное удвоение матки и влагалища со снижением овариального резерва у пациентки с MYRF-ассоциированным заболеванием. Акушерство и гинекология. 2025; 4: 171-177 https://dx.doi.org/10.18565/aig.2024.321
18. Забудская К.Г., Забненкова В.В., Череватова Т.Б., Булах М.В., Орлова А.А., Орлова М.Д., Миронович О.Л., Визеров Т.В., Бостанова Ф.М., Анисимова И.В., Городилова Д.В., Шестопалова Е.А., Семенова Н.А., Кучина А.С., Бессонова Л.А., Петухова М.С., Курякова Н.Б., Восканян А.Э., Маркова Т.В., Матющенко Г.Н., Рыжкова О.П. Генетический ландшафт синдрома Кабуки у российских пациентов: спектр вариантов в генах KMT2D и KDM6A. Медицинская генетика. 2025;24(8):55-58. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.08.55-58
19. Рыжкова О.П., Шатохина О.Л., Булах М.В., Череватова Т.Б., Орлова А.А., Забненкова В.В., Ковальская В.А., Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Степанова А.А., Зинина Е.В., Бескоровайная Т.С., Близнец Е.А., Адян Т.А., Михальчук К.А., Чухрова А.Л., Щагина О.А., Дадали Е.Л., Поляков А.В., Куцев С.И. Разработка экономически эффективных стратегий молекулярной диагностики различных групп наследственных заболеваний. Медицинская генетика 2025; 24(10): 6-15.
20. Визеров Т.В., Забудская К.Г., Мельник Е.А., Кучина А.С., Исмагилова О.Р., Бескоровайный Н.С., Поляков А.В., Рыжкова О.П. Применение полногеномного секвенирования в диагностике спиноцеребеллярной атаксии 8 типа. Медицинская генетика. 2025; 24(10): 61-64.
21. Орлова М.Д., Шестопалова Е.А., Маркова Ж.Г., Рыжкова О.П. Double Trouble: синдром Фелан-Макдермид и синдром Робинова. Медицинская генетика. 2025; 24(10): 124-127.
22. Череватова Т.Б., Бессонова Л.А., Рыжкова О.П. Новая крупная делеция в локусе 1q24.3q25.3 у пациента с дефицитом гормона роста и естественных антикоагулянтов. Медицинская генетика. 2025; 24(10): 142-144
23. Топчий А.В., Солодовникова Е.Н., Приходина Л.С. Клинико-генетическая характеристика и почечные исходы WT1-ассоциированной гломерулопатии у детей. Нефрология и диализ. 2025;27(2):220-221. https://doi.org/10.28996/2618-9801-2025-2-220-221