Москва, ул. Москворечье, д.1,
Медико-генетический научный центр
Контактная информация
Регистратура
+7 (495) 111-03-03
(многоканальный) 09:00 - 17:00
Программа HAPLOMATCH для сравнения STR-гаплотипов Y-хромосомы и её применение к вопросу происхождения донских казаков

Программа HAPLOMATCH для сравнения STR-гаплотипов Y-хромосомы и её применение к вопросу происхождения донских казаков

В журнале «Генетика» опубликована статья сотрудников лаборатории популяционной генетики ФГБНУ МГНЦ (рук.- проф. Е.В.Балановская)

Программа HAPLOMATCH для сравнения STR-гаплотипов Y-хромосомы и её применение к вопросу происхождения донских казаков

Чухряева М.И., Иванов И.О., Фролова С.А., Кошель С.М, Утевская О.М., Агджоян А.Т., Богунов Ю.В., Балановская Е.В., Балановский О.П.

STR-гаплотипы Y-хромосомы широко используются как эффективные генетические маркеры при изучении популяций человека и при проведении криминалистических ДНК-экспертиз. При этом часто возникают задачи сравнения отдельных индивидуумов или целых популяций по спектру гаплотипов. Подобные задачи являются мало выполнимыми вручную в силу их большой трудоемкости. Нами предложен алгоритм определения сходства STR-гаплотипов, пригодный для анализа массовых выборок, и разработана компьютерная программа Haplomatch, позволяющая находить гаплотипы, отличающиеся от анализируемого гаплотипа на любое число мутационных шагов. Программа может функционировать в двух режимах: сравнение индивидов и сравнение популяций. Гибкость программы (возможность использования не встроенной, а любой внешней базы данных), удобство использования (работа происходит с таблицами MS Excel) и возможность распространения на гаплотипы других хромосом и других биологических видов может сделать ее новым полезным инструментом в популяционно-генетических, криминалистических и генеалогических исследованиях. Программа Haplomatch размещена в свободном доступе на нашем сайте www.genofond.ru. Возможности программы продемонстрированы на примере исследования генофонда казаков.

Проведен экспериментальный анализ разнообразия Y-хромосомы в репрезентативной выборке (N=131) верхнедонских казаков. По спектру STR-гаплотипов обнаружена генетическая близость казаков с восточно-славянскими популяциями (в частности с южными русскими, русскими Центральных регионов России и украинцами), что подтверждает гипотезу происхождения казаков преимущественно за счет русских и украинских выходцев. Также обнаружено небольшое генетическое влияние ногайцев, вероятно вызванное их вхождением в Войско Донское в составе «татарской прослойки». Сходства с народами Кавказа у донских казаков не обнаружено. Этот пример показывает эффективность Haplomatch для популяционного-генетического анализа больших массивов STR-гаплотипов.

Генетика, 2016, T. 52, №5, c. 595–604.

http://elibrary.ru/item.asp?doi=10.7868/S0016675816050040


Москва, ул. Москворечье, д.1,
Медико-генетический научный центр
Контактная информация
Мы в социальных сетях
Регистратура
+7 (495) 111-03-03
(многоканальный) 09:00 - 17:00