Наш адрес:
Москва, ул. Москворечье, д.1,
Контактная информация
Регистратура с 9 до 17
+7 (495) 111-03-03
(многоканальный)
Лаборатория функциональной геномики
Лаборатория функциональной геномики

Руководитель:
Скоблов Михаил Юрьевич
заведующий лабораторией функциональной геномики, к.б.н
 mskoblov@gmail.com
Подробнее

НАУЧНЫЙ ПЕРСОНАЛ:

Баранова Анна Вячеславовна, главный научный сотрудник, д.б.н

Гуськова Анна Алексеевна, старший научный сотрудник, к.б.н.

Филатова Александра Юрьевна, научный сотрудник

Зернов Николай Владимирович, научный сотрудник

Кривошеева Ирина Александровна, младший научный сотрудник

Вяхирева Юлия Владимировна, младший научный сотрудник

Спарбер Петр Андреевич, лаборант-исследователь

Контакты:

8-499-612-48-45

mskoblov@gmail.com

Основные публикации

КРАТКАЯ ИНФОРМАЦИЯ

Основное направление деятельности лаборатории лежит в области функционального анализа генома человека. Проводимые исследования направлены на изучение функций генов, как в норме, так и в мутантных вариантах при наследственных заболеваниях человека. Особое внимание уделяется малоизученному классу длинных некодирующих РНК, способных участвовать в регуляции экспрессии генов. Разработки, получаемые в ходе проведения фундаментальных исследований, также применяются и в прикладных целях: ДНК-диагностики наследственных заболеваний, разработки генно-терапевтических подходов. В лаборатории активно применяются как современные молекулярно-биологический методы, так и биоинформатический анализ.

НАУЧНАЯ ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ ЛАБОРАТОРИИ.

Функциональный анализ вариантов нуклеотидной последовательности

Активное использования NGS-подходов при ДНК-диагностики наследственных заболеваний привело не только к увеличению её эффективности, но и к появлению новой проблемы - сложности в интерпретации вариантов нуклеотидной последовательности. Врач-генетик на сегодняшний день в определении патогенности выявляемых при секвенировании вариантов руководствуется семейным анализом, биоинформатическими предсказаниями, популяционными частотами. При этом для многих вариантов так и не удается однозначно определить их статус. В таких случаях возможно проведение экспериментов по функциональному анализу. В лаборатории функциональной геномики разрабатываются различные подходы, позволяющие решать данную задачу, среди которых можно выделить следующие: исследования сплайсинга, измерение активности каналов, изучение локализации белка, анализ белок-белковых взаимодействий. Для каждого варианта разрабатывается свой уникальный дизайн эксперимента, позволяющий помочь определить патогенность исследуемого варианта.

Изучение функции длинных некодирующий РНК человека

На сегодняшний день в мире проводится около 2,5 тысяч клинических исследований препаратов для генной терапии. Несколько из них уже одобрены для клинического применения. Мишенями подавляющего большинства таких препаратов являются хорошо охарактеризованные белок-кодирующие гены. Однако в последние годы появляется всё больше исследований, посвященных длинным некодирующим РНК (днРНК) и их участию в различных клеточных процессах. Из 16 тысяч генов днРНК человека функционально охарактеризовано только около двух сотен. Но уже сейчас показана их возможная роль в развитии более 200 различных заболеваний, при этом в некоторых случаях они являются одним из ключевых звеньев патогенеза. Это делает длинные некодирующие РНК перспективной мишенью для генной терапии. В лаборатории проводяться исследования по изучению структуры и функции длинных некодирующих РНК. Для этого применяется широкий спектр современных молекулярных методов, таких как нокдаун с использованием siRNA, определение РНК-партнеров исследуемого транскрипта с помощью РНК-pull-down, методы wound healing assay и MTT assay.

Потенциал использования siРНК в трансплантации почек

Главной проблемой трансплантации является критический дефицит донорских органов. Это общая проблема для всех стран, где проводят трансплантации. С каждым годом число потенциальных реципиентов в листах ожидания на пересадку органов неуклонно растет, в то время как количество доноров остается величиной примерно постоянной. Основным источником донорских органов являются доноры со смертью мозга, констатация смерти которых происходит в контролируемых условиях, что позволяет проводить эксплантацию органов в физиологических условиях, при сохраненном кровообращении, однако таких доноров недостаточно, и так будет всегда. Перспективным является использование органов от доноров с внезапной необратимой остановкой кровообращения, однако этому препятствует повреждение трансплантатов вследствие ишемии и последующей реперфузии, так как эксплантация в этих условиях выполняется экстренно, в условиях отсутствия кровообращения.

Многообещающим является применение нормотермической экстракорпоральной перфузии органов умершего человека его модифицированной кровью, что является наиболее физиологического способа восстановления жизнеспособности трансплантатов. Однако не до конца представляется потенциал терапевтического окна воздействия такого метода для улучшения долговременных результатов пересадки органов, полученных с помощью органосберегающих технологий. Одним из наиболее эффективных и безопасных решений могут быть подходы, основанные на генотерапии, в частности, использование малых интерферирующих РНК (миРНК, siRNA). Малые интерферирующие РНК проявили себя как высоко эффективные, специфичные и безопасные ингибиторы экспрессии нежелательных генов. Мы предлагаем использовать их для супрессии центральных молекулярных мишеней, активирующих патогенетические сигнальные пути, такие как апоптоз, некроз и/или некроптоз. Таким образом, применение миРНК в трансплантации органов может существенно улучшить качество пересаживаемого органа и увеличить время его жизни.

Лицелопаточно-плечевая миодистрофия Ландузи-Дежерина

Лице-лопаточно-плечевая миодистрофия Ландузи-Дежерина (FSHD) является генетическим заболеванием аутосомно-рецессивного типа, характеризующееся изменением числа копий повторяющегося участка длинной в 3.3 тысячи пар нуклеотидов в районе 10q26. Показано, что у больных данным заболеванием количество повторов меньше 11, тогда как у здорового человека оно может достигать более 100. На сегодняшний день молекулярная диагностика данного заболевания производится только в зарубежных лабораториях методом Саузерн-блот гибридизацией, при котором необходимо использование радиоактивных ДНК-зондов. В нашей лаборатории разработан новый подход для диагностики данного заболевания не требующий использования радиоизотопных соединений. Метод также характеризуется простотой анализа и меньшим количеством ДНК.

В последние годы молекулярно-генетическое исследование патогенеза данного заболевания существенно продвинулось. Были найдены и охарактеризованы ключевые участники молекулярных процессов. Инициатором патогенетического процесса оказалась некодирующая РНК, способная активировать белок-кодирующие гены, которые запускают основные клеточные процессы, приводящие к возникновению заболевания. На сегодняшний день существуют различные постгеномные технологии, позволяющие с высокой специфичностью и эффективностью проводить подавление экспрессии таргетных генов. В лаборатории разрабатываются подходы на основе данных технологий для выключения экспрессии некодирующей РНК, что должно привести к терапевтическому эффекту.